Alguns candidatos a vereador pelo PL em São Paulo têm evitado incluir o prefeito de São Paulo, Ricardo Nunes (MDB), em suas imagens de campanha, apesar de seu vice, Ricardo Mello Araújo (PL), ser uma indicação direta de Jair Bolsonaro (PL). Nunes, que tenta a reeleição, enfrenta um cenário de crescente desconforto entre aliados bolsonaristas, que preferem manter foco exclusivo no ex-presidente e evitam demonstrar apoio público ao atual prefeito, a quem consideram não bolsonarista e aliado de inimigos do bolsonarismo como a ex-deputada Joice Hasselmann.
Enquanto Nunes afirmou que a agenda de campanha é responsabilidade sua, e que Tarcísio de Freitas (Republicanos), governador de São Paulo, terá participação ativa em eventos conjuntos, lideranças bolsonaristas têm direcionado seu apoio a Pablo Marçal (PRTB). Marçal, que busca capturar o eleitorado conservador, vem explorando a percepção de que Bolsonaro não está plenamente comprometido com a candidatura de Nunes, intensificando o embate na base de apoio da direita em São Paulo.
Mesmo com ordens de Bolsonaro para que influenciadores evitem promover Marçal, o silêncio nas redes sociais e a ausência de Nunes nas campanhas dos candidatos do PL evidenciam uma crise latente na aliança. Parlamentares e candidatos têm priorizado fotos com Bolsonaro, sua esposa, Michelle Bolsonaro (PL) e seu filho, o deputado federal Eduardo Bolsonaro (PL-SP), destacando a crescente distância entre Nunes e o bolsonarismo.